在临床上，小肠肿瘤主要的治疗方式是手术治疗。由于小肠良性肿瘤会出现肠套叠、肠梗阻、出血、穿孔等严重的并发症，并且还可能有恶变的风险。所以一旦明确诊断，就应该给予积极的手术切除。
对于小肠的恶性肿瘤，比如小肠癌的病人，同样应该积极进行手术的治疗。对于手术治疗的原则，可以距癌症病灶两端各10cm处做肠段的切除，同时应该清除相应的系膜淋巴结，直至肠系膜上动脉分支的根部，尽可能延缓术后复发的现象。