骨髓炎应该是根据伤口分泌物的细菌培养以及药物敏感试验，选择对应的对细菌比较敏感的抗生素。在没有做这种化验之前应该选择广谱的抗生素，比如有五水头孢唑林钠、头孢西丁、头孢孟多酯钠等。另外，再根据药物敏感试验的结果，临床比较常用的还有万古霉素、头孢哌酮、阿莫西林、克林霉素等多种抗生素的运用。
但是抗生素的运用只是骨髓炎治疗的一部分，关键问题是要针对骨髓炎部位进行彻底的病灶清除、冲洗引流，把这几者之间综合起来运用，才能够尽可能控制炎症的感染。因为本身骨髓炎感染到治疗是一个非常漫长的过程，需要长时间才能够治疗，甚至有的抗生素需要一个半月的治疗运用。