尿道海绵体的神经损伤症状较多，和损伤原因有一定关系。损伤分别为有外伤史和进行性生活方式过于粗暴，之前有外伤史的病人，在某些突发情况后会出现尿道海绵体神经的损伤，其症状可能是在进行性生活的时候过于粗暴而导致。轻度尿道海绵体损伤会出现局部充血、水肿、血肿等情况，还会伴有短时间排尿功能异常，出现尿血、尿痛的症状。
如果出现严重的尿道海绵体损伤，还会导致尿道口留不住尿，可导致漏尿的情况发生，大部分患者会出现持续的肉眼可见的尿液颜色性状改变。此类损伤临床治愈后，阴茎部可能会出现局部结节，发生性冲动后勃起功能障碍等。