手足口病发热治疗，首先要测量体温，如果孩子的体温不超过38.5℃，孩子一般状态良好，能够正常的进食、进水，没有明显的寒战或者是嗜睡，可以先选择物理降温，让孩子多喝水，并贴退热贴，退热贴可以贴在额头或者是颈部两侧。同时，可以用温水擦拭孩子的身体，擦拭的时候要尽量避开有皮疹的地方，以免将皮疹擦破，而继发感染。
此外，如果皮疹没有破损的情况下，可以给孩子用温水泡澡。如果物理降温无效，孩子体温持续上升超过38.5℃以上，可以口服布洛芬类或者是对乙酰氨基酚类的退烧药。手足口病并没有特效针对手足口病病毒的抗病毒药物，认为干扰素雾化或者是干扰素吸入在发病24-48小时之内可能会起到一定的效果。一般手足口病具有自限性，一周左右可以自然愈合。