肛周脓肿在不同的阶段治疗及用药选择是不同的，在脓肿初期尚未成脓的阶段，可以应用口服消炎药，包括二代头孢等。配合应用中医的自制剂水敷散水调外敷，一般水敷散在各地的大型的中医医院，都可以自行配置。
在成脓期首要的治疗应该是手术切开排脓，配合应用水敷散用香油调敷，外敷创口以利于提脓拔毒，也可以配合应用口服的托里透脓汤。
在溃破的阶段可以应用口服的滋阴补气的中药，待形成肛瘘以后进行肛瘘的手术治疗。
避免肛周脓肿，最重要的是保持良好的排便习惯，尽量少饮酒，少吃辛辣食品，避免腹泻，保持肛周的清洁卫生。