目前我国的乙肝疫苗都是基因工程疫苗，是纯化的乙肝表面抗原。而活的乙肝病毒主要由乙肝表面抗原、乙肝e抗原和乙肝核心抗原组成，单一纯化的表面抗原相当于病毒的外壳，不会导致接种人群感染乙肝病毒，一般也就不会影响怀孕。
乙肝疫苗的副作用包括局部反应和全身反应，局部反应包括接种部位红肿、发痒、硬结，会在1-3天自动消失，还可能伴有食欲不振、恶心、腹痛、腹泻，24小时后会消失。全身反应是发热，只要有体温超过39℃，可以用退热药物，很快会消失。只有严重的过敏反应才会影响怀孕，但也不会耽搁太久。