绝大多数药物流产是在流产后的一周内就可以排干净。但一般是在流产后的两周进行超声复查，药物流产是有胚胎排出过程，不像人工流产手术，在手术过程中，直接用吸引器将胚胎吸出，同时搔刮宫腔，这样宫腔也就很干净。
药物流产是要通过米非司酮联合米索前列醇，这两种药要分别起作用才能将胚胎排出。首先服用米非司酮，在第一天空腹服用米非司酮，而48小时也就是中间间隔一天，第三天早晨空腹再服用米索前列醇，服用米索前列醇后大约半小时，病人会出现有腹痛和阴道出血，这时随时都可能会出现胚胎排出。大多数的胚胎排出是在服用米索前列醇后六小时内，但也有部分孕妇是在服用米索前列醇后，一周以内才会出现胚胎排出，所以是需要给病人观察的过程。如果是在服用米索后的六小时之内胚胎排出，可以在术后两周进行超声复查就可以。中间如果出现出血量较多症状，随时就诊。