盐酸米诺环素是一个抗菌药物，在使用过程中应该注意它的不良反应。首先由于它是一个抗生素，可能会引起患者出现菌群失调的情况，特别是对于长期使用这个药物的患者。一般来说，有些患者可能会引起维生素的缺乏，有些患者也可能会出现由于白色念珠菌或者是其他耐药菌引起的二重感染。另外，有些患者也可能会发生难辨梭菌假膜性肠炎。对于胃肠道，这个药物也有可能会有不良反应，包括食欲不振、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。
这个药物可能会沉积于牙齿或者是骨骼中造成牙齿黄染，并且可能会影响胎儿、新生儿、婴幼儿骨骼的正常生长发育。除此之外，这个药物有可能会对肝肾功能造成损伤。另外个别患者也可能会出现血液系统的副作用，包括溶血性贫血、血小板减少、中性粒细胞减少。总之，在使用米诺环素期间应该注意观察患者的治疗情况，如果患者出现可疑的不良反应，一定及时到医院就诊。