百令胶囊有副作用，百令胶囊的有效成分是发酵的冬虫夏草菌粉，在医生的指导下辨证合理使用比较安全。上市后的不良反应报告显示，个别患者服药后可能会出现咽部不适、轻度腹泻、恶心、呕吐等不良反应，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失。
对于出现胃肠道不良反应的患者，或者平时脾胃功能较弱的患者可以饭后服用，有助于减轻或改善这些症状。还有少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用。过量或者长期服用会增加不良反应发生的频率和程度，因此不可擅自更改服药的剂量和疗程。如正在服用其他药品，请就诊时告知医生。