病人出现遗精后尿道刺痛常常提示有慢性前列腺炎，慢性前列腺炎病人由于感染性致病微生物会引起精液感染，导致射精后精液刺激后尿道黏膜引起尿道黏膜水肿、糜烂，病人会出现遗精后尿道刺痛症状。
病人出现上述症状时，需及时到泌尿外科就医。通过精液细菌培养、支原体培养、厌氧菌培养、淋球菌培养常常可以找到致病微生物。通过药敏试验选择有效的抗生素，如磷霉素氨丁三醇散、盐酸多西环素、左氧氟沙星等序贯治疗四周左右，多数病人遗精后尿道刺痛症状会明显好转。