巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，巧克力囊肿的主要症状就是因为每个月来月经的时候，这个异位的囊肿也会有经血流出，但因其排不出去，所以就会有明显的痛经，会引起不孕。
另外巧克力囊肿的病人随着囊肿的变大会出现痛经进行性加重，而且还会反复破裂、复发，所以痛经、不孕、复发是巧克力囊肿最主要的三大症状。如果异位在特殊的部位，比如胸腔会定期气胸，胃部会有周期性吐血，或者头部会有周期性头痛等。