食源性疾病主要包括传染性疾病和非传染性疾病两大类，传染性疾病包括肠道传染病、人畜共患传染病，非传染性疾病包括食物中毒、寄生虫病，以及化学性有毒、有害物质所引起的疾病。
在食源性疾病中，食物本身并不致病，只是将病原体或者有毒物质携带进入人体而引起疾病，因此病人的主要表现是以急性中毒或急性感染为主要特点。能够引起食源性疾病的主要病原体，包括细菌、病毒、寄生虫、真菌，有毒物质，包括化学性毒物、动物性毒素，以及植物性毒素等。