肝囊肿根据不同的病因，它分为先天性肝囊肿、创伤性肝囊肿、炎症性肝囊肿、肿瘤性肝囊肿，和寄生虫性肝囊肿等等。先天性肝囊肿是最多见的，是良性胚胎发育障碍引起的，是由于肝内胆管和淋巴管发育异常，导致管腔内一些液体潴留，先天性囊肿又分为单发和多发的囊肿。炎性囊肿是由于胆道梗阻引起的胆管囊性扩张，里面含有胆汁。创伤性肝囊肿、肝脏外伤后血肿，或者组织坏死液形成的囊肿，实际上不是真正的囊肿。肿瘤性囊肿还有寄生虫性囊肿，都和肿瘤、寄生虫感染有关系。