肝功能两项检查不能查出大三阳，肝功能检查主要查肝脏是否受到损伤。肝功能检查当中，包括肝脏各种酶学、胆红素、白蛋白等。肝脏酶学包括谷丙转氨酶、谷草转氨酶、谷氨酰转肽酶、碱性磷酸酶、胆碱酯酶等。
乙肝大三阳的检查需要进行乙肝二对半检查才可以发现，乙肝二对半检查包括乙型肝炎表面抗原、乙型肝炎表面抗体、乙型肝炎E抗原、乙型肝炎E抗体、乙型肝炎核心抗体。其中第一项、第三项、第五项阳性时，也就是乙型肝炎表面抗原、乙型肝炎E抗原、乙型肝炎核心抗体三项阳性时才称为大三阳，大三阳时一般标志着乙型肝炎病毒复制比较活跃，传染性也比较强。