在肛瘘的诊断过程中，医生会根据患者的病史、临床表现、查体和辅助检查来综合判断。
在视诊上，医生可以看见肛周皮肤有一个或者数个突出的外口，外口有的分泌黏液，有的分泌脓血样物质。
在直肠指诊过程中可以摸到从外口走向肛内的硬性条索，条索有的直、有的弯，有的甚至形成马蹄状。
在肛门镜检查过程中可以观察到直肠黏膜是否充血、肥厚，齿状线是否有局部充血、肿胀，按压瘘管时还可以看到肛窦有溢脓表现。
此外还可以经过辅助检查来综合判断，比如用探针检查，但是由于此操作会导致肛门有较为严重的疼痛，都需在麻醉下进行。
除此之外，对于肛瘘患者还可以行造影检查来判断肛瘘走形和瘘管分布。