手足口病的诊断主要依据流行病学资料、临床表现，必要的时候进行实验室检查进行确诊，具体如下：
一、手足口病大多发生于婴幼儿，尤其是三岁以下的宝宝以及幼儿园的宝宝，属于高发人群；
二、宝宝发病的时间大部分是在每年夏季，一般是在5-8月份，有一定的流行性；
三、宝宝可能有手足口病的接触史，如接触了手足口病的宝宝以后出现发病；
四、宝宝发病表现为发热，继而口腔、手、足和臀部出现疱疹样的皮疹，皮疹具有不痛、不痒、不结痂、不结疤的特点。
大部分手足口病根据临床就可以诊断，给予治疗，但是如果宝宝手足口病的症状不典型，或者是病例表现比较重，如脑膜炎、肺炎、暴发性心肌炎等，需要尽快留取标本进行肠道病毒，尤其是EV71的病毒检测，结合病原学和血清学检查作出诊断。