子宫内膜异位症患者不孕率可以高达50%，其中20%有中度以上的病变，但并不是所有的子宫内膜异位症患者都会不孕，根据子宫内膜异位症病变部位不同，临床表现也不相同。症状、体征大多与月经周期密切相关，有大约25%的患者无任何症状，常见的症状有痛经、慢性盆腔痛、性交痛、月经异常和不孕等。对于子宫内膜异位症引起不孕的原因，比较复杂，主要和下列因素有关：
1、盆腔解剖结构异常：引起粘连、梗阻、扭曲，使输卵管蠕动异常，影响拾卵和受精卵的运输功能。
2、盆腔内微环境改变：内膜异位症患者腹腔液中含有异常的物质可以导致不孕。
3、免疫功能异常：异位的子宫内膜被体内免疫系统识别为异物，激活体内的免疫系统产生抗体免疫反应，所以会导致不孕。
4、卵巢功能异常：子宫内膜异位症患者的排卵障碍发生率大约为17%-27%，可能与腹腔液中前列腺素升高，从而影响卵泡发育和排卵有关。
5、其他因素：即使有排卵，黄体功能不足、黄体形成不良也会影响受孕，未破裂的卵泡黄素化综合征在异位症患者中发病率可以高达18%-79%，也是不孕的原因。另外，自然流产率增加，异位症的患者妊娠以后，大约有40%会发生自然流产，而正常妊娠的患者自然流产率只有15%。