真菌感染导致的灰指甲也就是甲真菌病，治疗需要根据抗真菌药物的抗菌谱，以及真菌培养出来的结果，选择口服合适的抗真菌药物进行治疗。如果是由于皮肤癣菌所致的甲真菌病，可以口服伊曲康唑0.2g，每天两次，口服一周，停药三周为一个疗程，需要连续应用3-4个疗程，也可以给予特比萘芬口服0.25g，每天一次，连续口服3-4个月。如果是其他真菌引起的甲真菌病，应该选择伊曲康唑。如果是由于念珠菌导致的甲真菌病，建议选择氟康唑口服，效果更好，也需要连续用药3-4个月，同时最好配合联用外用药物，需要将病甲刮除，局部可以给予具有渗透性好的阿莫罗芬搽剂，需要连续用药6个月以上。