偏头痛的病因目前尚不完全清楚，考虑与遗传、饮食、内分泌及精神因素有关。50%-80%的患者有阳性家族史，如偏瘫型偏头痛和基底动脉型偏头痛的患者，遗传因素是最明显的。
偏头痛也有诱因，如天气变化、压力过大、明显的焦虑、抑郁、饥饿、睡眠障碍、过度疲劳、声光刺激、噪音等都会诱发。某些特殊的饮食，如咖啡、茶等含有咖啡因，还有熏制品、泡菜、柑橘类水果也会诱发偏头痛。偏头痛好发于女性经期，考虑可能跟内分泌因素有关。因此，引起偏头痛的病因，还是很多的。