腋下长疣是人类乳头瘤病毒感染所引起，腋下长疣治疗可以通过激光、冷冻、电离子等方法将其祛除。如果疣体比较大，也可以选择手术的方法将其切除。因为腋下是皱褶的部位，容易出汗，治疗之后可以局部外涂抗细菌感染的药物，如夫西地酸乳膏等避免感染。
腋下长疣治疗之前也需要和其他的皮肤病相鉴别，比如皮赘，皮赘也好发生在腋下，可能和摩擦刺激等有关，是一种良性的皮肤增生，和病毒感染并没有关系。除此之外，腋下也可以出现尖锐湿疣或者扁平湿疣等，需要提高警惕。