细菌性阴道炎是由于阴道内的菌群紊乱，导致产生过氧化氢的乳酸杆菌减少，而其他的微生物大量繁殖，主要以加德纳菌等厌氧菌的生长为主，故药物上一般是选择抗厌氧菌的药物，主要包括甲硝唑和克林霉素。
甲硝唑可抑制厌氧菌生长，而不影响乳酸杆菌生长，是较理想的治疗药物，对于治疗支原体的治疗效果偏差。具体用法分为口服用药和局部用药，疗程为一周左右，甲硝唑的单次用药效果不如连续用药，目前推荐连续用药为主。局部用药包括克林霉素软膏或者甲硝唑泡腾片，疗程为7-14天，局部用药与口服用药疗效相似，治愈率可以达到80%左右，性伴侣一般不需要常规治疗。
妊娠期女性的治疗方案以选择甲硝唑为主，克林霉素也可以进行选择。对于妊娠期女性或非妊娠期妇女，患有细菌性阴道病时均需要进行相应的治疗。不治疗可以导致妊娠期的女性发生绒毛膜羊膜炎、胎膜早破、早产，非妊娠妇女可以引起子宫内膜炎、盆腔炎，甚至子宫切除术后的阴道顶端感染等。