肺结核的CT报告诊断率不能达到100%，因为有的时候影像学的检查结果容易与肺炎和肺癌等肺部疾病混淆，所以还需要鉴别诊断，比如肺炎、肺癌等，有与肺结核相似的症状，影像学检查也有相似的改变。
肺炎时胸部影像学可以表现为密度较大，且较均匀的片状或者斑片状的阴影，但是肺炎经抗炎治疗后，体温可以迅速下降，经过1-2周左右阴影也可以明显吸收，肺癌的X线片会提示有肿块，常呈分叶状且有毛刺，癌组织坏死液化后可形成偏心厚壁空洞，所以肺结核容易跟其它的肺病混淆，诊断时不能完全依据X线和CT进行诊断，还要参考其它的临床症状以及实验室检查进行确诊。