参芪五味子片上市后的不良反应报告显示，此药按照说明书推荐的剂量和疗程辨证合理使用还比较安全。不良反应较少，个别患者服药后会出现轻度的腹泻、胃脘胀满等胃肠道反应，一般症状较为轻微，停药后症状会自然消失。
饭后服用有助于减轻和改善这些症状，因此出现胃肠道不良反应的患者可以饭后服药。还有极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。长期或者过量服药，会增加不良反应发生的频率和程度，因此不建议自行长期用药。服药四周症状未改善，应去医院就诊。服药期间不宜同时服用藜芦、五灵脂、皂荚或其制剂，不宜喝茶和吃萝卜，以免影响药效。