影响结石形成的因素很多，年龄、性别、种族、遗传、环境因素、饮食习惯和职业对结石的形成影响很大。而身体的代谢异常、尿路的梗阻、感染、异物和药物的使用是结石形成的常见病因，重视这些问题能够减少结石的形成和复发。
机体代谢异常方面，例如尿液的酸碱度、高钙血症、高钙尿症、高草酸尿症、高尿酸尿症、胱氨酸尿症、低枸橼酸尿症、低镁尿症，这些都是干扰因素。
局部病因主要包括尿路梗阻、感染、尿路中存在异物，这些是诱发结石形成的主要局部因素。而药物当中，比如氨苯蝶啶、茚地那韦、硅酸镁、磺胺类药物，这些药物本身就是结石的成分。而另外比如乙酰唑胺、维生素D、维生素C、皮质激素等这些药物在代谢的过程中导致了其它成分结石的形成。