如果儿童输液后还是发烧39℃，可以采用下面的措施来进行处理：
1、给儿童及时服用退热药物，因为儿童输液的成分主要是头孢菌素等，主要起到抗感染、治疗病因的作用。在儿童发烧39℃的情况下，儿童往往会有周身酸软无力、头痛等症状，需要暂时应用对症的退热药物，比如可以给儿童服用对乙酰氨基酚或者布洛芬。
2、给儿童及时更换药物，如果儿童的发烧是由于流感病毒引起，可以给儿童换用帕拉米韦，因为帕拉米韦可以起到抗流感病毒的效果。