男性生殖器疱疹首选抗疱疹病毒的药物。特别是核苷类的药物治疗，像阿昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦、泛昔洛韦等，都能有效的抑制生殖器疱疹病毒，起到治疗作用，局部也可以外用阿昔洛韦软膏、喷昔洛韦软膏，或者是干扰素凝胶进行治疗。
因为生殖性疱疹容易复发，所以如果想要减少复发，也可以采取抗病毒药物的每日抑制疗法，也就是坚持每天口服抗病毒药物，连续6-12个月。有的还可以加用一些免疫调节剂来进行治疗，比如胸腺肽、转移因子等。除了药物治疗之外，平时要注意休息、避免劳累，因为生殖器疱疹的发病往往与机体免疫力下降有密切的关系。另外，还要避免性行为，以免造成他人的传染。