附睾头囊肿如发生手术可能造成的后遗症如下：第一、局部形成瘢痕结节，用手触摸时可以在附睾头段触摸到质地比较硬的结节，一般不伴有任何的疼痛，但合并感染后可伴有局部的肿胀疼痛感。第二、出现有精液量减少，当发生附睾头囊肿切除手术以后，附睾组织破坏，可出现附睾管阻塞而导致精液运输减少，这时可以出现精液量减少的情况，所以对于男性未婚的患者或者未育的患者，禁忌做此手术。第三、形成痛性的结节，附睾头手术切除以后，局部可以形成痛性结节，造成患者阴囊慢性疼痛，多因结扎过程中，造成了局部的神经损伤，而导致形成痛性的神经纤维性瘤，所以会出现慢性的疼痛症状。