遗精后尿道内刺痛主要是两种情况导致的，一种是在夜间睡眠时没有自主控制能力，精液从尿道内溢出之后，尿道肌肉协调收缩不稳定而造成尿道过度的扩张，引起尿道刺痛。
另一种是因为慢性的精液内的炎症以及前列腺炎症刺激而导致尿道刺痛，尿液经过时还可能会出现尿频、尿急、尿痛，甚至终末血尿，以及排尿呈白色浑浊状。
这种多数考虑有慢性的生殖道炎症，包括前列腺炎、精囊炎症等等，需要进行规律性排精以及抗生素的合理应用。