判断卵巢囊肿生理性和病理性的方法，是根据患者的临床症状、体征、囊肿的大小以及生长速度，并结合一定的辅助检查进行综合的判断，主要有以下几种情况：
1、生理性囊肿：大多数来源于卵泡或者黄体，这些囊肿直径大约在2-3cm，一般没有明显的临床症状，大多数患者是在普通的妇科检查或者筛查时偶然发现。囊肿通常表面光滑，囊内液回声好，经过2-3个月以后再次复查，大多数囊肿可以消失，这些囊肿大多数属于生理性。
2、病理性囊肿：一般会有明显的临床症状，比如出现腹痛或者有盆腔的压迫症状，另外有些患者可能会伴有肿瘤标志物升高，或者其他的腹痛等不适症状，进行复查的过程中，会发现囊肿有进一步增大、囊肿不会自行消失，这时候多考虑为病理性囊肿，可以借助于妇科检查、相应的辅助检测，比如B超。对于病理性囊肿，B型超声监测下发现囊肿呈进行性增大，并且囊内回声不好，伴有实质性的东西，血流信号丰富。一般多提示为恶性肿瘤。
总之，对于卵巢囊肿生理性和病理性的鉴别，可以结合这几方面进行综合判断。