菊花茶本身具有清热解毒、滋润咽喉、去火消肿等作用，故其治疗咽炎在临床上经常应用。尤其是咽部异物感、咽干、咽痒的症状，能够配合其他药物，起到辅助的作用。但有些人喝菊花茶时会导致腹部不适，尽量不要过多饮用，因为是药三分毒。
菊花茶在应用时，一定要配合其他咽炎药物治疗，而咽炎在饮食上最为关键，不要吃生葱、生蒜等辛辣刺激性的食物。平时不要抽烟、喝酒，在饮用菊花茶之外，可以配合加胖大海、陈皮、麦冬等。