肛周囊肿没有感染时没有明显不适，如伴有局部感染，可以出现肛门坠胀、肛门异物感，严重时出现肛门周围红肿疼痛、坐卧不安。因疼痛不敢用力排便，导致便秘症状，会刺激直肠肛管神经产生排便不尽感、里急后重等直肠刺激症状。
肛周囊肿也可以出现全身感染症状，如体温升高、食欲减退、寒战、高热等。当肛周囊肿继发感染引起肛周脓肿时，会表现出肛门周围剧烈跳痛，伴有波动感，此时需及时进行脓肿切开引流排出脓汁，控制感染。全身使用抗菌素口服或静滴，常用头孢类抗菌素联合抗厌氧菌抗菌素。