水煎服效果最佳，通过辨证论治与其它药物相互配伍使用，如菟丝子、川断、杜仲等，通过水煎煮使其药物中的有效成分完全挥发，起到最好的治疗效果。肉苁蓉属于补阳药，甘咸温，归肾、大肠经，具有补肾助阳、润肠通便的功效。
临床上多用于肾阳亏虚、精血不足、男性阳痿早泄、女性宫冷不孕、腰膝酸痛、痿软无力者或者是由于阳虚所引起的肠燥津枯便秘。使用方法为水煎服，10-15g/次。在临床使用时，由于本品能助阳滑肠，故阴虚火旺及大便泄泻者不宜服用，肠道有湿热、大便燥结者不宜服用。