如果明确是乙肝小三阳出现转氨酶升高，要明确是否由肝炎发作引起，这时要进行乙肝病毒DNA的检测，另外进行肝脏超声的检测除外其他原因引起的转氨酶升高。
如果是明确乙肝肝炎发作引起的转氨酶升高，就需要口服抗病毒药物进行治疗，标准的抗病毒药物包括恩替卡韦及替诺福韦，能够有效的抑制乙肝病毒的复制，延缓肝纤维化、肝硬化的发展，并且降低肝癌的发生概率。
乙肝携带者如果出现肝炎发作需要抗病毒治疗的疗程较长，在乙肝表面抗原转阴后才能够停药。如果乙肝已经引起严重的肝纤维化、肝硬化甚至肝癌，就需要终身口服抗病毒药物。