扁平疣打干扰素部分患者有效，一般需要打3-4次。打完干扰素后当天会出现发热的症状，多喝水即可，不需要作特殊的处理。
扁平疣的外用药物也可以考虑氟尿嘧啶软膏、3%酞丁安搽剂外涂，对于面部的皮损这两个药应该慎用，因为有可能会造成色素沉着、水肿和糜烂。也可以应用维A酸类制剂，比如他扎罗汀胶剂或阿达帕凝胶剂。
但都要注意外用药物的刺激性，维A酸类制剂每晚外涂一次，用完后关灯睡觉，有可能会有局部的红斑、水肿以及烧灼感。对于比较少的皮疹，也可以采用二氧化碳激光烧灼或者液态氮体冷冻治疗。