对于小儿手足口病的治疗方法，分为对因和对症治疗两种。手足口病其实从根源上是病毒感染，所以从对因治疗方面，不太需要特别的抗病毒治疗。针对手足口病本身，一般只需要等待自然病程，病毒本身会依靠自身的抵抗力，病程在一周左右就会逐渐的恢复。
除此之外，对症治疗也就是针对小儿手足口病所表现出来的症状，做相应的处理，大部分孩子的手足口病可能都会有发热的表现，所以可以针对发热做相应的对症退热处理。一般可以给孩子使用布洛芬或者对乙酰氨基酚退烧药，对小儿来说安全。针对孩子的皮疹不需要做特别的处理，因为手足口病的皮疹不疼、不痒、不会结痂、不会留疤，所以不太需要针对皮疹做特别处理。随着自然病程过去之后，相关皮疹也会逐渐自行恢复。