细菌性阴道炎患者通常不可以用克霉唑栓，细菌性阴道炎是由于阴道内的菌群紊乱，导致产生过氧化氢的乳酸杆菌减少，而其他微生物大量繁殖，主要以加德纳菌等厌氧菌感染为主，治疗上宜选用抗厌氧菌的药物，主要包括甲硝唑和克林霉素。甲硝唑可以抑制厌氧菌的生长而不影响乳酸杆菌生长，是比较理想的治疗药物。
克霉唑是治疗霉菌性阴道炎的一种药物，主要是抗真菌治疗。所以，对于细菌性阴道炎，可以选择甲硝唑口服或局部用药，口服用药疗程为一周左右，局部用药可以选择克林霉素软膏或者甲硝唑凝胶，疗程同样为7-14天，局部用药和口服用药疗效相似，治愈率均可以达到80%左右，性伴侣一般不需要常规进行治疗。细菌性阴道炎如果不进行治疗，妊娠期女性容易导致绒毛膜羊膜炎、胎膜早破、早产，非妊娠妇女可以引起子宫内膜炎、盆腔炎，甚至子宫切除术后的阴道顶端感染。