对于间质瘤的病人来说，最主要的治疗方法，仍然是手术的治疗，这也是间质瘤取得临床治愈的最有效的治疗手段。
对于不适合手术的间质瘤病人，或者经过手术之后，出现复发和转移的间质瘤病人，近些年主要采用靶向药物来进行治疗，比如应用于间质瘤治疗的甲磺酸伊马替尼，就是一种有效的靶向治疗药物。
对于间质瘤患者来说，这些靶向治疗药物，大多数需要一直服用到疾病出现进展，或者出现不可耐受的毒性。间质瘤大多数属于低度恶性肿瘤，通过这些综合的治疗手段，可以使间质瘤病人生存期获得明显的延长。