智齿牙龈肿痛是得了智齿冠周炎，是由细菌感染造成的。智齿往往出现阻生，有部分牙冠被周围的牙龈覆盖，就会形成盲袋。
口腔当中有很多细菌，有的细菌是厌氧菌，也就是在厌氧环境下才能生存和大量繁殖，在盲袋当中就是厌氧环境。如果智齿萌出以后，没有认真刷牙，在智齿的牙面和牙龈之间附着着大量的食物残渣、软垢和牙菌斑。
牙菌斑上就可以有厌氧菌利用食物残渣、软垢，分解产生毒素或者酶类，刺激牙龈，引起牙龈的肿痛，出现智齿冠周炎。
另外，全身抵抗力下降也是造成智齿冠周炎的重要因素，在身体状况良好的情况下，细菌不容易引起炎症，在身体抵抗力下降的时候，细菌就会大量繁殖，造成牙龈肿痛。