霉菌性阴道炎的药物治疗包括局部用药和全身用药，其中应用的药物主要为抗真菌药物，具体用药方法和疗程需要根据患者的临床分类选择。抗真菌药物主要包括咪康唑栓、克霉唑栓、制霉菌素栓等，口服药物包括氟康唑、伊曲康唑等，具体用何种药物需要根据当地医院的用药条件，以及医生开具的处方选择用药。
对于复杂性霉菌性阴道炎，无论是全身用药，还是局部用药，都应该适当延长治疗时间，从达到治愈的目的。霉菌性阴道炎在进行治疗的同时，性伴侣也要进行治疗，避免由于性伴侣感染霉菌而导致女性重复感染。对于症状持续存在或诊断两个月以后又重新复发的患者，可以再次进行诊治。霉菌性阴道炎治疗前需要消除诱因，比如有糖尿病的患者需要积极控制血糖，并且需要停用广谱抗生素、雌激素及皮质类固醇激素，并勤换内衣，用过的内裤、盆及毛巾应该用开水进行烫洗。