反流性食管炎的一般治疗方法主要是指生活方式的改变，包括改变饮食习惯、降低腹压、改变体位及避免使用某些引起反流的药物。睡觉时可以枕头放高，减少夜间反流的现象，睡前三小时不宜进食，白天进餐后也不宜立即卧床。有些药物容易导致反流，比如抗胆碱药物和三环类抗抑郁药物等，这些药物在反流性食管炎的病人中要避免使用。
除了生活习惯方面的调节治疗之外，最主要的治疗是抑制胃酸，减少胃酸的反流，可以口服质子泵抑制剂，比如奥美拉唑、兰索拉唑等。此外，可以给予改善胃动力的药物，比如枸橼酸莫沙必利片来增强胃动力、减少胃酸以及胃内容物的反流，还可以口服保护食管和胃黏膜的药物，比如铝碳酸镁片或者硫糖铝，这样可以减少食管的损伤。治疗反流性食管炎要进行综合治疗，结合生活习惯以及药物的使用进行全方位的治疗。