根据临床经验，自闭症患者如果没有颅内的一些器质性的病变，那么进行核磁共振检查不可能出现异常的发现，其颅脑内结构和正常人的颅脑内结构基本一致，除非自闭症患者颅内有一些先天或者后天因素引起的发育性或者获得性的异常，那么进行脑核磁共振检查时才会出现异常的发现。
两者是否存在一定的关联还需要临床医生进行综合判断，而不能仅仅依靠磁共振检查判断自闭症患者的诊断。