胆总管囊肿手术成功后患者具体存活时间，取决于术后是否会发生远期并发症。
如果患者没有出现相应的远期并发症，一般不影响生存时间；如果出现远期并发症，如反流性胆管炎、胆肠吻合口结石、胆肠吻合口狭窄等，将严重地影响患者生存质量，导致反复出现腹痛、发热、黄疸的症状，需要再次手术治疗，可能会影响患者生存质量，导致生存时间缩短。尤其是长期的反流性胆管炎，可能诱发胆肠吻合口的癌变或者肝内胆管的癌变，此时将严重地影响生存时间。胆管癌的恶性度高，一般患者5年生存率仅为20%-40%。
胆总管囊肿手术后，建议患者每6个月复查血常规、肝功能、血清蛋白酶、肿瘤标志物以及腹部彩超，必要时进行CT、MRI等检查。