木香顺气丸属于理气类中成药，按照说明书推荐剂量和疗程辨证合理使用比较安全，患者大都耐受性良好，副作用较小，上市后不良反应报告显示，个别患者服药后可出现恶心、呕吐等不良反应，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失。
对于出现胃肠道不良反应的患者或者平时脾胃功能较弱的患者，可以饭后服用，有助于减轻或改善症状，还有极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用，注意此药是由香燥之药组成，如遇到口干舌燥、手足心发热、感觉到阴液亏损者慎用，或出现胃痛加重等其他症状时，应去医院就诊。