怀孕36天能否做药物流产需要根据B型超声检测宫内妊娠囊回声的大小，以及是否可以见到妊娠囊的回声，或者排除宫外孕。根据以上情况，可以选择药物流产，药物流产的适应证一般是选择妊娠49天以内，患者没有用药禁忌证，可以选择药物流产。药物流产是以米非司酮和米索前列醇配伍的方案，米非司酮是一种类固醇合剂，对于子宫内膜孕激素受体的亲和力比较高，可以竞争性结合蜕膜的孕激素受体，从而阻断孕酮的活性，从而终止妊娠。同时，由于妊娠蜕膜坏死，释放内源性前列腺素，促进子宫收缩以及宫颈软化。米索前列醇对子宫也有明显的收缩作用，两者的联合应用，可以提高药物流产的成功率。
药物流产主要是适用于妊娠49天，B型超声检查确诊为宫内妊娠，排除宫外孕，才可以实行药物流产。药物流产也有一定的副作用，其中主要的副作用为出血时间长或者出血量多，尽管使用宫缩剂或者抗生素，但是疗效仍然不是十分显著。所以如果出血量多，需要行急诊的刮宫手术。另外药物流产需要由正规的有抢救条件的医疗机构实行，避免在药物流产过程中出现大出血，危及患者生命时无法行急诊的抢救手段。