抗结核药普遍的副作用是对胃肠道有刺激反应，有时容易出现过敏反应、白细胞下降，或者是末梢神经炎，最严重的副作用是对肝脏的损伤。一般副作用不重的时候，不需要特殊处理。如果出现肝损伤时，需要应用保肝的药物，而严重肝损伤的时候，要停用抗结核药。
抗结核药物主要是异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等，这些药物都对肝脏有损伤，所以应该定期检查肝功。其中吡嗪酰胺还可以使血尿酸升高，而诱发痛风。疗程中应该定期的监测肝功和血常规等，定期检查，及时发现副反应。