扁平疣的治疗包括外用药物治疗、物理治疗以及系统药物治疗。外用药物治疗主要适用于皮损比较大的或不易用物理治疗的，根据具体的情况选择不同的外用药以及使用方法。
常用的药物包括0.05%-0.1%的维A酸软膏，每天晚上点涂于患处。5-氟尿嘧啶软膏不建议用于面部，因为容易遗留色素沉着。可以外用5%的米喹莫特软膏，每周三次外用，用的时候注意避免涂擦到正常的皮肤。
除了外用药之外还可以选用物理治疗，包括冷冻、激光、电灼以及电解的方法，主要适合皮损数目比较少的。
扁平疣的系统药物治疗主要可以用异维A酸软胶囊，异维A酸软胶囊有抑制皮肤角化的作用，所以对于扁平疣有一定的治疗效果。部分患者还可以局部注射，就是肌肉注射干扰素，干扰素有抗病毒调节免疫的双重作用。