自体脂肪填充手术的危害要看自体脂肪填充的部位，在双侧乳房的填充，可能会造成局部的出血、血肿及皮肤的瘀斑，有可能一次填充的脂肪量比较大，在脂肪的中心出现缺氧、缺血、液化、坏死的情况，会造成皮下以及乳腺内的多个结节形成，严重可能需要手术，将比较大的结节取出。
如果是在面部进行脂肪填充，就要注意在血管比较丰富的部位，如鼻根部、颞部以及额部，要注意填充的时候不要将颗粒脂肪注入到血管内，而造成血管的栓塞，这也是比较严重的并发症，会造成局部皮肤的坏死、视力的减退或者消失，严重时会造成脑血管的栓塞情况。