目前临床上尚无专门治疗肠炎的特效药物，由于肠炎的分类很多，其治疗方法也不同。病毒性肠炎主要由轮状病毒引起，由于大便次数等增多导致体内水分流失，所以在治疗上主要补液、保持电解质平衡等治疗。如果为细菌性肠炎，在治疗上要明确致病菌，如大肠埃希菌、痢疾杆菌等。然后针对感染的细菌给予相对敏感的抗生素治疗，如庆大霉素、氧氟沙星、呋喃妥因、氨苄西林等。如果寄生虫感染引起的肠炎，腹痛症状较为明显，在治疗上主要见于蛔虫感染，治疗药物上主要是阿苯达唑片等。如果为真菌导致的肠炎，需要给予抗真菌治疗，如氟康唑、制霉菌素片等。