扁桃体有结石可能会引起咽部的异物感，会有咽部的异味，会吐出结石样、沙粒样的异物，这种异物会伴随着异味。扁桃体结石可能会诱发扁桃体经常发炎，或者是感染。
扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝过大积存残留的食物残渣，以及隐窝本身的分泌物和细菌，脱水钙化以后形成的。可以通过门诊医生给予挑除，但是不能保证不再复发。所以要彻底的解决扁桃体结石的问题，是需要通过手术来切除患侧的扁桃体。