在临床上，一般不用硝酸咪康唑乳膏治疗灰指甲。治疗灰指甲的作用非常弱，是因为灰指甲就是医学上所说的甲癣，真菌侵犯甲板和/或甲下组织所引起的皮肤病。一个药物要想能治疗灰指甲，这个药物必须能渗透到甲板和/或甲下组织，所以对于甲癣的治疗，在临床上比较好的办法是吃药，通过吃药可以达到治疗灰指甲的目的。
对于外用药来讲，有一些药物可以渗透到甲板和/或甲下组织，可以起到一定治疗作用。但是，因为硝酸咪康唑乳膏渗透作用弱，一般不用来治疗灰指甲。